師資
個人簡介：
南方科技大學(xué)醫(yī)學(xué)院講席教授、獲得國家級人才頭銜，計算系統(tǒng)生物學(xué)及生物信息學(xué)者。2023年1月加入南方科技大學(xué)醫(yī)學(xué)院。之前為美國佐治亞大學(xué)生物化學(xué)系“校董事會教授”及“佐治亞科學(xué)協(xié)會著名學(xué)者講席教授”(2003-2022)，佐治亞大學(xué)生物信息研究所首任所長(2003-2011)。他是AAAS Fellow及IEEE Fellow。1991年獲得美國科羅拉多大學(xué)計算機(jī)科學(xué)博士學(xué)位（組合數(shù)學(xué)和算法）。1993年加入美國橡樹嶺國家實(shí)驗(yàn)室，工作十年，歷任助理研究員、研究員、資深研究員及課題組長（senior staff scientist and group leader）。初期參與到人類基因組測序計劃，從事在基因組中搜尋編碼蛋白基因的計算方法及軟件實(shí)施。進(jìn)而從事了蛋白三級結(jié)構(gòu)預(yù)測的計算方法研發(fā)，及微生物基因組的統(tǒng)計分析、代謝系統(tǒng)建模和功能預(yù)測。2003年，他的研究團(tuán)隊(duì)加盟佐治亞大學(xué)，成立生物信息研究所,同時入職佐治亞大學(xué)生化系。自2008年起，開始通過腫瘤組學(xué)數(shù)據(jù)研究腫瘤發(fā)生、發(fā)展、轉(zhuǎn)移的推手和機(jī)理。共發(fā)表近400篇學(xué)術(shù)論文，五部著作，包括世界上第一部“腫瘤信息學(xué)”專著,引文20000余次、H指數(shù)為71。自1995年，共培養(yǎng)38位博士后，20余位博士，其中19人在美國研究型大學(xué)任教，20多人任教于歐洲，韓國及國內(nèi)各大學(xué)。自2003年起，每年在國內(nèi)主持召開“生物信息學(xué)國際研討會(2003-2013)，及“腫瘤系統(tǒng)生物學(xué)國際研討會”(2011-),并每年主講“生物信息學(xué)”或“腫瘤信息學(xué)”暑期課程，共吸引2萬余人參加。
研究領(lǐng)域：
1993 - 1995年，使用數(shù)理統(tǒng)計及計算方法，在人類基因組尋找蛋白編碼基因。所研發(fā)的計算機(jī)程序GRAIL-II為90年代中期至2000年代中期，為人類基因組學(xué)者的重要工具，且在相當(dāng)一段時間，這一程序?yàn)橄嚓P(guān)領(lǐng)域的金標(biāo)準(zhǔn)，文章引用次數(shù)超1000篇；
1995 - 1999年，使用生物統(tǒng)計及計算方法，研發(fā)了蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測程序PROSPECT及RAPTOR，兩者在1990年代及接下來的15年廣泛被學(xué)界使用，引用次數(shù)超2000篇；
1998 - 2012年，從事微生物系統(tǒng)生物學(xué)研究，主要關(guān)注（1）微生物在自然界中碳循環(huán)的作用；和（2）微生物在降解纖維素中的作用機(jī)理。目標(biāo)為：通過大規(guī)模的計算模擬研究相關(guān)微生物的代謝網(wǎng)絡(luò)、分析通過基因工程改變這些微生物的代謝方式，來大幅提升（1）碳回收的能力；及（2）產(chǎn)生生物能源的可能性、及可能的目標(biāo)基因或代謝通路。共發(fā)表100 余篇文章，最高單篇文章引用次數(shù)超1000；
2007 - 至今：從事腫瘤系統(tǒng)生物學(xué)研究。通過對腫瘤組織的大數(shù)據(jù)分析、數(shù)學(xué)建模，研究腫瘤發(fā)生、發(fā)展及轉(zhuǎn)移的主要推手及重要機(jī)理。自2012年起，逐漸建立一個全新的腫瘤進(jìn)化理論，即腫瘤細(xì)胞中的代謝重編程，是為了產(chǎn)生足夠的H(+)來平衡芬頓反應(yīng)產(chǎn)生的OH(-)，進(jìn)而維持細(xì)胞pH的穩(wěn)定性及細(xì)胞的存活。徐鷹教授團(tuán)隊(duì)現(xiàn)在的基本假設(shè)是：腫瘤的所有臨床表現(xiàn)都是其為生存而產(chǎn)生的代謝中編程所導(dǎo)致的。這一全新的，還在逐步完善的腫瘤進(jìn)化理論將為腫瘤的預(yù)防，早期診斷，治療提供全新的思路；
2020 - 至今，阿爾茲海默癥發(fā)生發(fā)展機(jī)理的研究。
獲獎情況及榮譽(yù)：
2001年，獲得由美國R&D雜志頒發(fā)給每年度最重要的100項(xiàng)發(fā)明創(chuàng)造的R&D100獎；
2003年，獲得美國佐治亞州癌癥協(xié)會杰出學(xué)者稱號；
2003年，獲得佐治亞州科學(xué)協(xié)會著名學(xué)者稱號；
2007年，當(dāng)選美國科學(xué)促進(jìn)會會士（AAAS Fellow）；
2008年，教育部特聘講座教授 （吉林大學(xué)計算機(jī)系）；
2012年，中組部講座教授 （吉林大學(xué)計算機(jī)系）；
2016年，獲得吉林省長白山友誼獎；
2018年，吉林省國際科學(xué)技術(shù)合作獎；
2021年，當(dāng)選國際電機(jī)電子工程學(xué)會會士（IEEE Fellow）。
學(xué)術(shù)任職：
自1998年，以主編、副主編、編委的身份共服務(wù)于十幾個專業(yè)雜志，包括：
2009年 - 至今，副主編， Journal of Computer Science and Technology；
2013年1月–2016年12月，任IEEE/ACM Transaction on Computational Biology and Bioinformatics 主編；
以及Frontiers in Oncology，Journal of Molecular Cell Biology，Genes and Diseases，Mathematical Biosciences 等雜志的編委。
工作經(jīng)歷：
1986 - 1991年，美國科羅拉多大學(xué)計算機(jī)科學(xué)系研究助理；
1991 - 1993年，美國科羅拉多礦業(yè)學(xué)院數(shù)學(xué)系，助理教授；
1993 - 1997年，美國橡樹嶺國家實(shí)驗(yàn)室計算機(jī)科學(xué)與數(shù)學(xué)部助理研究員、研究員；
1997 - 2003年，美國橡樹嶺國家實(shí)驗(yàn)室科學(xué)部資深研究員、課題組長；
2003 - 2022年，美國佐治亞大學(xué)生物化學(xué)系，“校董事會教授”和“佐治亞州科學(xué)協(xié)會著名學(xué)者”講席教授；
2003 - 2011年，美國佐治亞大學(xué)生物信息研究所首任所長；
2023年1月，南方科技大學(xué)醫(yī)學(xué)部 講席教授。
在過去25年，擔(dān)任過以下單位的兼職教授
1997年 - 至今，吉林大學(xué)計算機(jī)科學(xué)與技術(shù)學(xué)院兼職教授；
2002年，浙江大學(xué)生物信息學(xué)研究所兼職教授；
2005年，北京大學(xué)生命科學(xué)院兼職教授；
2006年，臺灣省成功大學(xué)統(tǒng)計系兼職教授；
2007年，臺灣省中央大學(xué)系統(tǒng)生物研究所兼職教授；
2007年，美國佐治亞理工學(xué)院電機(jī)系兼職教授；
2018年，在吉林大學(xué)第三臨床醫(yī)院成立吉林省科學(xué)家工作室。
教育背景：
1978 - 1982年，吉林大學(xué)計算機(jī)系獲學(xué)士學(xué)位；
1982 - 1985年，在吉林大學(xué)計算機(jī)系獲碩士學(xué)位；
1986 - 1991年，在美國科羅拉多大學(xué)計算機(jī)科學(xué)系獲博士學(xué)位。
近期發(fā)表的論文：
1. Sha Cao, Xiwen Zhu, Chi Zhang, Hong Qian, Heinz-Bernd Schuttler, Jianping Gong, Ying Xu; Competition between DNA Methylation, Nucleotide Synthesis, and Antioxidation in Cancer versus Normal Tissues. Cancer Res 1 August 2017; 77 (15): 4185–4195. https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-17-0262
2. Han Zhang, Tanner Yohe, Le Huang, Sarah Entwistle, Peizhi Wu, Zhenglu Yang, Peter K Busk, Ying Xu, Yanbin Yin, dbCAN2: a meta server for automated carbohydrate-active enzyme annotation, Nucleic Acids Research, Volume 46, Issue W1, 2 July 2018, Pages W95–W101, https://doi.org/10.1093/nar/gky418
3. Huiyan Sun, Yi Zhou, Michael Francis Skaro, Yiran Wu, Zexing Qu, Fenglou Mao, Suwen Zhao, Ying Xu; Metabolic Reprogramming in Cancer Is Induced to Increase Proton Production. Cancer Res 1 March 2020; 80 (5): 1143–1155. https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-19-3392
4. Yi Zhou, Huiyan Sun, Ying Xu, Metabolic reprogramming in cancer: the bridge that connects intracellular stresses and cancer behaviors, National Science Review, Volume 7, Issue 8, August 2020, Pages 1270–1273, https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa082
5. Yi Zhou, Wennan Chang, Xiaoyu Lu, Jin Wang, Chi Zhang, Ying Xu, Acid-base homeostasis and implications to the phenotypic behaviors of cancer, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2022, ISSN 1672-0229, https://doi.org/10.1016/j.gpb.2022.06.003.
6. Renbo Tan, Yi Zhou, Zheng An, Ying Xu, WITHDRAWN: Understanding cancer as a survival process under persistent stresses, Medicine in Omics, 2021, 100009, ISSN 2590-1249, https://doi.org/10.1016/j.meomic.2021.100009.
7. Dingyun Liu, Feiyang Xing, Yueying Wang, Jun Xiao, Zheng An, Ying Xu, Molecular bases of morphologically diffused tumors across multiple cancer types, National Science Review, Volume 9, Issue 11, November 2022, nwac177, https://doi.org/10.1093/nsr/nwac177
8. Renbo Tan, Yi Zhou, Zheng An, Ying Xu, Cancer is a survival process under persistent microenvironmental and cellular stresses, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2022, ISSN 1672-0229, https://doi.org/10.1016/j.gpb.2022.03.002.
9. Jun Bai, Renbo Tan, Zheng An, Ying Xu, Quantitative estimation of intracellular oxidative stress in human tissues, Briefings in Bioinformatics, Volume 23, Issue 4, July 2022, bbac206, https://doi.org/10.1093/bib/bbac206
10. Liu Dingyun, Bai Jun, Chen Qian, Tan Renbo, An Zheng, Xiao Jun, Qu Yingwei, Xu Ying. Brain metastases: It takes two factors for a primary cancer to metastasize to brain, Frontiers in Oncology, December 2022, https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fonc.2022.1003715.